Il patrimonio della Fondazione Conservatorio San Carlo Borromeo di Pienza è costituito da alcuni immobili storici, provenienti dall’antico complesso immobiliare originario, tra cui la sede, il sottostante ristorante, l’archivio del Centro Studi Mario Luzi e la Chiesa di San Carlo. Recentemente la Fondazione ha acquisito i locali di Via della Madonnina, locati alla Banca Monte dei Paschi e alle Poste Italiane.

Fanno parte del patrimonio numerose opere d’arte tra cui la più importante è la pala di altare, dipinta su tela, attribuita al pittore Francesco Rustici dello il Rustichino (presente dal 1624 nella chiesa di San Carlo); quadri e sculture sono conservate in sede fatta eccezione per alcuni oli su tela in prestito al locale Musero Diocesano di Arte Sacra di Palazzzo Borgia.

L’archivio storico conserva documenti e carteggi d’epoca mentre la biblioteca è costituita dall’enciclopedia bibliografica italiana e dalle numerose pubblicazioni prodotte ed edite nei decenni dalla Fondazione. Recentemente la Fondazione ha promosso una collana dal titolo Pientinitas – Collana di Storia patria che pubblica annualmente scritti di storia locale.

Infine tra il patrimonio si annoverano i fondi depositati presso le locali agenzie bancarie.